La recherche sur le coronavirus

L’Union européenne a initié une plateforme sur laquelle les chercheurs du monde entier peuvent échanger leurs données sur le coronavirus.

Une chercheuse au Centre Helmholtz de recherche sur les maladies infectieuses
Une chercheuse au Centre Helmholtz de recherche sur les maladies infectieuses dpa/pa

Les symptômes du Covid-19 sont très divers, ce qui rend les choses compliquées pour savoir si l’on est contaminé ou pas. Les médecins ont eux aussi de la difficulté à poser un diagnostic ; pour être sûrs, ils ont recours aux tests. Les chercheurs doivent bien comprendre le virus pour pouvoir développer un vaccin. Ils ont pour cela besoin du plus grand nombre de données possible – actuelles, facilement accessibles et si bien protégées que les données des patients ne puissent pas être détournées.

Il s‘agit de partager les données, au-delà des disciplines, des systèmes sanitaires et des frontières.

Ursula von der Leyen, présidente de la Commission européenne

La Commission européenne a donc initié le développement d’un portail de données sur le Covid-19 pour booster la coopération scientifique dans le monde. « Les scientifiques ont déjà acquis une foule de connaissances sur le nouveau coronavirus, dit Ursula von der Leyen, la présidente de la Commission. Mais aucun chercheur, aucun laboratoire, aucun pays ne trouvera rapidement la solution seul. Nous voulons donc aider les scientifiques à accéder aux données de leurs confrères et à partager les leurs – au-delà des disciplines, des systèmes sanitaires et des frontières. »

La base de données est coordonnée par l’Institut européen de bio-informatique (EMBL-EBI) dans la ville anglaise de Hinxton, près de Cambridge. Il fait partie du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) à Heidelberg. « Nous mettons surtout trois groupes de données en mémoire : les séquences ADN du virus, les données génétiques et les données cliniques », dit Rolf Apweiler. Ce biologiste est co-directeur de l’EMBL-EBI. Les séquences ADN du virus, notamment, sont particulièrement importantes pour le développement d’un vaccin. « Le vaccin doit être conçu de manière à, si possible, ne pas réagir aux changements du virus, c’est-à-dire à rester efficace malgré de nouvelles mutations. » 

Il existe différentes thèses sur le taux de mutation du virus. Certains chercheurs pensent que le virus mute à une rapidité inhabituelle, c’est-à-dire qu’il s’adapte rapidement à de nouvelles conditions. Cela serait un problème pour développer un vaccin. Mais Rolf Apweiler en doute : cette théorie est née du fait que certains reprennent les données telles qu’elles sont publiées. Or ces données proviennent de techniques de séquençage différentes avec, souvent, des taux d’erreur à l’avenant. » Si l’on soustrait les erreurs, le virus ne mute pas si fortement. Cela montre l’importance d‘avoir des données de qualité.

Rolf Apweiler, co-directeur de l’Institut européen de bio-informatique
Rolf Apweiler, co-directeur de l’Institut européen de bio-informatique EBI

La plateforme européenne stocke déjà des milliers de séquences ADN du virus, des dizaines de milliers sont actuellement en cours de traitement et seront bientôt mises en ligne. Les exploitants de la base de données attendent des centaines de milliers de données dans les mois et années à venir. « Nous en avons besoin pour qu’elles soient analysées par des algorithmes d’apprentissage machine », dit Rolf Apweiler.

On peut expliquer certaines réactions au virus, mais pas toutes.

Rolf Apweiler, co-directeur de l’Institut européen de bio-informatique (EBI)

Le deuxième groupe est constitué par les données génétiques des patients. « Les gens réagissent différemment au virus, dit M. Apweiler. On peut expliquer certaines réactions au virus, induites par des pathologies antérieures ou l’âge, mais pas toutes. » Ici aussi, de grandes quantités de données sont importantes. Les chercheurs peuvent comparer les données génétiques de patients gravement malades avec celles de patients moins atteints et déterminer quel génotype induit ces différences. Ces connaissances permettent d’estimer plus précisément le risque individuel.

Le troisième groupe porte sur les données cliniques prélevées directement auprès des patients, par exemple les données sur l’évolution de la maladie et les organes touchés. Le virus ne s’attaque pas seulement à l’appareil respiratoire, des comptes rendus évoquent des pathologies cardiaques et des maladies complexes chez les enfants. On ne dispose pas encore de connaissances sur les conséquences à long terme d’une infection au coronavirus. « Il y a un grand fossé entre ces données cliniques et les données des chercheurs, fossé qu’il nous faut combler », dit M. Apweiler.

Les données ne sont pas seulement stockées sur la plateforme. Les chercheurs disposent de suffisamment de capacités de calcul pour les analyser. Il existe en outre des outils pour, par exemple, filtrer les données des patients en fonction de certains critères.

Du côté allemand, le German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI) de l’université de Bielefeld participe au projet. Le réseau joue un rôle important quand il y va de réunir des données en provenance d’Allemagne et d’autres pays.

La plateforme Covid-19 fait partie du plan d’action ERAvsCorona de l’Union européenne. Outre l’EMBL-EBI, la Commission européenne et les pays membres de l’UE comptent partie ses plus grands acteurs.

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